A primeira aparição de Yoshi em um jogo em 3D foi em Super Mario 64,[carece de fontes?] para Nintendo 64, como um personagem não-jogável. Neste jogo, Yoshi aparece no alto do castelo da Princesa Peach. O telhado do castelo pode ser acessado de várias formas, mas a maneira mais usada é quando o jogador consegue coletar todas as 120 estrelas, e um canhão do lado de fora do castelo será aberto, permitindo que Mario seja lançado para o alto do castelo, e ao chegar lá, ele se encontra com Yoshi [1]. Além de Super Mario 64, Yoshi aprece em mais 2 jogos em 3D de plataforma: em Super Mario 64 DS, para Nintendo DS, desta vez como um personagem jogável,[5] e em Super Mario Sunshine, para Game Cube, onde ele pode ser montado por Mario, da mesma forma como em Super Mario World,[6] mas neste jogo, Yoshi não pode entrar na água[carece de fontes?] e só pode atacar inimigos cuspindo o suco de frutas que ele engole.[



